Cómo decía Jack, "vámonos por partes"...
Para qué tipo de salida necesitas los videos??
Con qué calidad obtienes los originales??
Y en base a eso vamos determinando el codec y forma de trabajo adecuado... como hablas de una compania de postproduccion audiovisual , y luego hablas de formatos flv, ya no se para dónde va la cosa :P
Y gracias por el guayabazo