En la ruta que indicas se almacenan los archivos temporales de ASP.NET
C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\Temp orary ASP.NET Files\
Te recomiendo que publiques tus proyectos generando previamente el Deploy, debes usar el WebDeployment, que es una herramienta adicional, la puedes descargar aqui.
http://msdn2.microsoft.com/en-us/asp.net/aa336619.aspx
Con esta herramienta se genera algo asi como el paquete de instalación lo que si deberias subir a tu sitio.