Con un diskette de win9x, no vas a hacer nada porque ese DD debe estar en formato NTFS. Si queres instalar el win2000, debes asegurarte de tener respaldada tu información. Luego, asegurarte que el CD de win2000 que estés usando es auto-iniciable. Después, entras al SETUP del BIOS y cambia la secuencia BOOT para que inicie por el CD. Si aún así, no inicia desde el CD, quiere decir que es una copia muy mal hecha.
Si en el SETUP del BIOS, no tenes la opción de iniciar desde CD-ROM, descargate los diskette de incio de windows 2000 de
BootDisk, a ver si de esa forma logra solucionarlo.