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Pues aca lo tienes, al instanciar el objeto debes definir la propiedad 
setCloseCallback   Código PHP:
    Windows.setCloseCallback(function(){
   alert("me he cerrado y lanzo el alert")
}); 
    
  Entonces sería  
 Código PHP:
    win = new Window({
    className: "mac_os_x", 
    title: "Sample", 
    width:200, 
    height:150, 
    destroyOnClose: true, 
    recenterAuto:false
});
 win.getContent().update("<h1>Hello world !!</h1>"); win.showCenter();
win.setCloseCallback(function(){
   setTimeOut(function(){location.reload();},1000); //le decimos que pase esta linea por alto y cierre la ventana, de esa forma esta linea la hacemos "asincrona" y le damos un retardo de 1 segundo
   return true;
}); 
    
  connection closed.