Hola, intenta con éste código, yo lo usé para abrir un nuevo pop_up y cerrando el otro pop_up (no es automático), a lo mejor lo puedes adaptar para lo que necesitas:
<A HREF="nueva_pagina.extension" onClick="window.open('nueva_pagina.extension');win dow.close()">.:: CERRRAR ::.</A>
Saludos.
PD: el trozo de código completo que usé fue éste:
<A HREF="nueva_pagina.extension" onClick="window.open('nueva_pagina.extension','nue va_pagina','width=800,height=600,directories=No,lo cation=No,menubar=No,scrollbars=Yes,status=No,tool bar=No,resizable=No,left=100,top=0,screenX=0,scree nY=1');window.close()">.:: CERRAR ::.</A>