Alert y header("Location: ...")

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Yo creo que en lugar de un alert, es más facil si lo haces con un div en el que coloques el botón de aceptar, y el de cancelar también si quieres.
Ese div puede por ejemplo estar ocupando toda la ventana, para que no puedan pulsar otros botones y/o enlaces, y con visibilidad 80% para que se vea algo que lo que hay detrás.

Pues bien, en ese boton le pones en el evento onClick que cambie el valor de href.location a la URL de la nueva ventana.