Hola eduardo
Puedes pasarlas a formato unicode, \u0022 es para las comillas dobles y \u0027 para las simples.
En PHP
Código:
function js_toString($value){
$value = ereg_replace("\"","\u0022",$value);
$value = ereg_replace("'","\u0027",$value);
return "\"". $value."\"";
};
$js_vars[] = "var t = ". js_toString("Esto es una \"cadena\" con 'comillas'"). ";";
?>
<script >
<?php echo $js_vars[0]; ?>;
alert(t);
</script>
Espero que te sirva de ayuda.
Salu2