Hola:
Entiendo que el Text area es de html. Puedes configurarlo para que te devuelva los retornos de carro y los muestre. Tienes que poner algo como
< textarea ... wrap="hard">....
http://www.idocs.com/tags/forms/_TEXTAREA_WRAP.html
De todas formas, puedes usar el método replace() de la clase String para hacer el cambio que quieres en la parte java.
Se bueno.