hola como estas yo todo lo contrario conosco J5EE y poco php, pero te puedo dejar un hilo del foro en cual esta la discucion entre ambos lenguajes
http://www.forosdelweb.com/f45/java-vs-php-360104/
En cuanto para aprender java directamente aplicado en web es medio complicado pero no imposible, primero deberias hacerte unos ejemplitos y leerte algunos manuales de java para aplicaciones de escritorio (J2SE),para ir acostumbrandote a la sintaxis y luego si leer sobre JSP, Servlets(java en web), etc.
Sin duda que para aprender JAVA en cualquiera de sus plataformas J2SE(Java 2 Standard Edition), J5EE(Java 5 Enterprise Edition) o J2ME(Java 2 Micro Edition) primero deberias aprender la teoria de objetos.
Hay un libro que yo siempre recomiendo a la gente que quiere empezar a programar en JAVA que se llama "Piensa en Java" de Bruce Eckel el cual te empieza explicando sobre la teoria de objetos, herencia,polimorfismo,etc cosas basicas de programacion y luego te enseña el lenguaje en si, este libro esta para bajares gratiutamente en ingles de la pagina del autor pero tambien si lo buscas en español esta por todos lados.
saludos y cualquier duda posteala en el foro.