Te pueden penalizar por contenido duplicado nada menos :), lo mejor es que hagas una redireccionamiento 301 de tu viejo dominio al nuevo, de manera que tus visitas vayan al nuevo, los links entrantes también, y el PR que puedas tener en ese antiguo dominio.
Si no haces eso, cuando mínimo, avísale al bot de que no recorra el viejo para que no te penalicen :), para eso usa robots.
Generas tus robots por ejemplo desde la herramientas de webmasters de google:
http://www.google.com/webmasters/sitemaps/?hl=es (sitemaps)