Filezilla es software libre, asi que no "es" para 32 bits ni para 64 bits. Si no existiera una versión para 64 bits, simplemente alguien tendría que ocuparse de compilarlo para esa arquitectura. Que en la web oficial no haya un paquete para 64 bits no quiere decir que no lo haya para tu distro.
No tiene sentido que digas "¿y si no lo encuentro?". Primero búscalo, y preocúpate después si no lo encuentras. Créeme, los encontrarás. Tanto
Filezilla como
gFTP.