Creo que lo mas sencillo seria que el script de jpgraph lo coloques despues de recepcionar la "Referencia" y haber hecho la consulta en tu BD
Claro que los includes antes que todo....
Algo asi:
Código PHP:
$ref=$_GET['referencia'];
//Tabla de referencia presupuestaria.....
//Aqui script de jpgraph
Saludos