Bueno, el proceso es sencillo:
Abres el archivo para acceso secuencial, cargas su contenido en una variable de cadena, encriptas esa cadena y la vuelves a guardar en el archivo.
(En este ejemplo suponemos que el archivo a encriptar se llama 'Usuarios.dat' y se encuentra en el mismo directorio que la aplicación).
Código:
Dim ed As New EncryptedData
Dim sText As String
' abrimos el archivo, cargamos su contenido en la variable sText y lo cerramos
Open App.Path & "\Usuarios.dat" For Input As #1
sText = Input(LOF(1), #1)
Close #1
' algoritmo de encriptación
ed.content = sText
ed.Algorithm.Name = CAPICOM_ENCRYPTION_ALGORITHM_3DES
ed.SetSecret sText
' abrimos de nuevo el archivo y grabamos el texto encriptado
' Nota: sobreescribe el archivo anterior (lo machaca). Si lo quieres guardar en
' otro diferente, sólo cambia el nombre del archivo.(Si no existe, lo creará)
Open App.Path & "\Usuarios.dat" For Output As #1
Print #1, ed.Encrypt
Close #1