hay una forma de cerrar una ventana si pedir la confirmacion, y es usando activeX
este es el código
<OBJECT id=MyControl type="application/x-oleobject" classid="clsid:adb880a6-d8ff-11cf-9377-00aa003b7a11" codebase="http://activex.microsoft.com/activex/controls/htmlhelp/HHCTRL.ocx#Version=4,72,8252,0" width=100 height=100>
<PARAM name="Command" value="Close"> <PARAM name="Button" value="Cerrar ventana">
</OBJECT>