Mira en nuestro foro, pues no son pocos los hilos que tratan sobre el tema.
Fuera del foro, para empezar, mira este enlace:
http://www.tufuncion.com/myisam-vs-innodb
Yo, en tu caso, si vas a empezar, vas a usar relaciones (y quieres contar con integridad relacional), transacciones, bloqueo de registros, y no tienes grandes dotes de programador con PHP, JSP, ASP, o el programa que uses, y tampoco quieres meterte a trabajar los store procedures de MySQL, te aconsejo InnoDB, y te lo dice alguien anclado en MyISAM.