como te dijo IMAC la pila no tiene nada que ver con el vídeo, puedes quitarle la pila y el equipo debería de funcionar igual, solo que la configuración no se guardaría pero debería de prender sin problemas.
La lógica me dice que tuviste un problema de estática, deberías probar con otra tarjeta de vídeo pero al ser una 386 lo mas probable es que necesites una vídeo de 1Mb con suerte en un bus/ranura PCI aunque lo mas probable es que sea una ISA y con muy mala suerte una VESA
, pero por la antigüedad debe ser medio complicado de conseguir cualquiera de esas.