esque intentas escrivir una variable fuera de los ?>
intenta asi:
Código PHP:
<?
$conexion=mysql_connect("localhost","root")
or die("Problemas en la conexion");
mysql_select_db("baseprueba2",$conexion) or
die("Problemas en la seleccion de la base de datos");
$registros=mysql_query("select * from comprasusuario where Pedido='$_GET["consul"]'",$conexion) or
die("Problemas en el select:".mysql_error());
if ($reg=mysql_fetch_array($registros))
$descripcion=$reg['Descripcion'];
?>
<script language="javascript">
top.arriba.retorno(<? echo $descripcion; ?>);
</script>