Mmm, no estoy seguro de haberte entendido bien, pero creo que es esto lo que quieres.
document.getElementById('cuadro').style.left = x;
document.getElementById('cuadro').style.top = y;
<div id="cuadro" style="position:absolute;"> algo </div>
Donde x e y son las coordenadas deseadas, se podría usar la del flash o lo que se quiera.