Creo que antes de hacerte todas estas preguntas debes mirar el alcance de tu proyecto. Partiendo por, cuantas personas ingresaran al sistema simultaneamente y cuantos de estos trabajan con los mismos datos.
Ahora... para ir a tus preguntas, debes enfocarte en que conlleva utilizar un metodo u otro, por ejemplo:
1.- Independiente de que es mas rapido, cuanto espacio consumiras luego de 3 meses de puesta en marcha con archivos de texto y cuanto espacio consumiras teniendo todo en una base de datos.
2.- Con expresion regular (supongo yo) te refieres a las funciones nativas de php que vienen en su shell, si es asi, haz el ejemplo de conectarte a una base de datos oracle basado en tus conocimientos y ahora bajate alguna clase de abstraccion para hacer lo mismo y ve que es mas conveniente. Creo que las clases estan hechas para que no te compliques la vida haciendo cosas que ya estan optimizadas.
3.- Un vector, ya es hablar de datos propiamente tal, y si bien me encanta trabajar con ellos, en una clase es recomendable utilizar variables y metodos get/set para cargar/obtener los datos. Ojo que no estoy diciendo que no utilices vectores, lo que estoy diciendo es que no pongas todos tus datos en uno solo cuando en la clase perfectamente puedes tenerlos todos separados.
4.- Esto ya es parte de programacion y dependera exclusivamente de lo que hayas optado en el punto 2 para hacer el sistema. Llegando a eso podemos comenzar a ver como hacerlo
5.- De nada, y no hay ignorante que haga preguntas
Suerte!
