Podés probar esto, pero recordá que sólo funcionará si la página cargada dentro del iframe pertenece a tu dominio, si no, tendrás que servirla desde tu dominio con lenguaje de servidor (
ver ejemplo):
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>test</title>
<script>
function agregar(){
var ifr=document.getElementById('pp').contentDocument || document.getElementById('pp').contentWindow.document;
ifr.onmousedown=function(){alert('hola');}
}
window.onload=agregar;
</script>
</head>
<body>
<iframe width="500" height="500" id="pp" src="2.php"></iframe>
</body>
</html>
Tampoco funcionará si los banners son swfs (y hasta ahora no encontré solución para eso sin modificar el código actionScript de los mismos)