loq eue tienes que hacer es tomar el valor seleccionado del select, esto es:
Código:
.
combo = document.getElementById('ID_SELECT');
idEmpleado = combo.options[combo.selectedIndex].value;
.
openwindowExternal("details_accommodation.php?City_Name=Arequipa&Accommodation_ID="+idEmpleado)
todo eso dentro de una funcion que llamas desde el evento onclick de tu boton