Sinceramente no entiendo bien tu pregunta, ya que tiene más relación con php que con javascript. Fijate si esto es lo que necesitás:
Código PHP:
<?php
$phpcodigo1 = 123456;
$phpcodigo2 = 234561;
$phpcodigo3 = 345612;
$phpcodigo4 = 456123;
$phpdescripcion1="aaaaaa";
$phpdescripcion2="bbbbbb";
$phpdescripcion3="cccccc";
$phpdescripcion4="dddddd";
$phpprecios1=230;
$phpprecios2=200;
$phpprecios3=170;
$phpprecios4=140;
$indice= 4;
$js='<script>'."\n";
for($i=1;$i<$indice+1;$i++){
$js.='var jscodigo'.$i.'='.${'phpcodigo'.$i}.';'."\n";
$js.='var jsdescripcion'.$i.'="'.${'phpdescripcion'.$i}.'";'."\n";
$js.='var jsprecios'.$i.'='.${'phpprecios'.$i}.';'."\n";
}
$js.='</script>';
echo $js;
?>
<script>alert(jsdescripcion4)</script>