hola, sabes yo tambien tuve el mismo problema con el netbeans por eso me decidi a usar el jdialog, ahi ya no se te cierran la ventana principal pero si ya haz avanzado bastante con los jframe y no quieres borrar los jframey empezar de nuevo todo, intenta poner esete codigo en el metodo principal de la clase del jframe principal o del jframe que no quieres que se cierre:
Código:
setDefaultCloseOperation(WindowConstants.DO_NOTHING_ON_CLOSE);
claro que para agregar ese codigo en la parte donde van los import agrega esto
Código:
import javax.swing.WindowConstants;
aunque cre que eso es todo no me acuerdo si te pide mas importaciones si es asi el caso el netbeans te dice que importar.
me dices que tal te va