haber si te entendi, tienes una pagina index.php donde preguntas usuario y contraseña, entonces te envia a la misma pagina u otra que pregunta si es valido o no si es invalido vuelve a index.php o de lo contrario pasa a aplicacion.php que esta a su ves tiene un menu en la parte superior o donde sea y dentro de ella un iframe con la aplicacion que va pasando a medida que pinchas el menu???
entonces cuando estas en aplicacion.php y pinchas en el menu pero ha pasado X tiempo te envia por tema de sesion a index.php pero se te ve en el iframe y no sale a pantalla completa....
mira si es asi puedes poner en tu pagina index.phpun script para comprobar que ella es siempre la pagina padre... y si se habre en un iframe lo quita.....
seria algo como
Código:
<script language="JavaScript">
if (top.location != self.location)top.location = self.location;
</script>
esto en entre <head> y </head> lo pruebas y me dices si te funciona y era ese tu problema....
saludos