Pues si funciona sin las comillas, ¿por qué no las quitas?. Así:
Código PHP:
$id='valor proveniente de la tabla MySQL';
echo "<script type='text/javascript'>";
echo "var preload_ctrl_images=true;";
echo "var previmg='left.gif';";
echo "var stopimg='stop.gif';";
echo "var playimg='play.gif';";
echo "var nextimg='right.gif';";
echo "var slides=[]; //FIRST SLIDESHOW";
echo "slides[0] = [\"http://xmobiled789f3/autoenventa/ver_FOTO1.php?id=$id\", \" \"];";
echo "slides[1] = [\"http://xmobiled789f3/autoenventa/ver_FOTO2.php?id=$id\", \" \"];";
echo "slides[2] = [\"http://xmobiled789f3/autoenventa/ver_FOTO3.php?id=$id\", \" \"];";
echo "slides[3] = [\"http://xmobiled789f3/autoenventa/ver_FOTO4.php?id=$id\", \" \"];";
echo "slides.no_auto=1;";
echo "slides.use_title=0;";
echo "</script>";