¿No será esto lo que quisiste hacer?
Código PHP:
var lista = new Array(2);
lista[0] = "('50-LISTA PRECIOS 50','50')";
lista[1] = "('2-LISTA 2','2')";
eval("window.opener.document.getElementById('lista').options[0]= new Option" + lista[0]);
El tuyo no funcionaba porque lista[0] tomaba el valor 50 por lo que al concatenar se volvía Option50.