Restaurar windows sin alterar aplicaciones

[Testament]

Que hay gente, tebgo un problema, tengo una computadora que necesita formato, sin embargo el disco duro esta lleno de informacion valiosa, de la cual no puedo sacar backup porque es generada por un programa que esta instalado, y que por cierto es muy caro, y que aunque reinstalara este programa y sustituyera los archivos nuevos por los que necesito usar el programa no los acepta, no se porque. En fin lo que necesito es hallar una forma de restaurar windows sin que se desinstalen los programas ni se pierda esta informacion valiosa. ¿Alguien conoce alguna forma para hacer esto??