A mi me parece que tienes pocas tablas para ambas base de datos, en mi opinion si quieres trabajar con una sola base de datos yo le agregaria al criterio que entiendo yo es que los tienes clasificados por "Area o Departamento" y si es asi solo bastaria agregarles un campo o una tabla que tenga idarea,descrarea por ejemplo, o en su caso agregarle el campo area, espero que me hallas entendido .
saludos
