Bueno gracias a la ayuda de unos tutoriales ya he comprendido el funcionamiento de ZF. Ahora me surgen algunas dudas sobre el proyecto que quiero hacer:
 
Os pongo en antecedentes :) 
Voy a crear un panel de control web al cual se le podrá instalar módulos y componentes (al estilo Joomla) según lo que se necesite (por ejemplo puede haber un módulo de contabilidad, o puede haber un módulo de crear excel, o de modificar contenido de una web) 
Necesito los siguientes "componentes" 
- Autenticación --> Zend_Auth
  - Permisos --> ¿Zend_Acl? (Necesitaré dar permisos de añadir contenido, listar, editar,... a determinados módulos)
  - Módulos --> Instalación del módulo (Al estilo Joomla, se sube el Zip y te lo instala)
  - Conexión a BD --> Zend_DB (Da igual el sistema de BD)
  
La idea es crear la estructura principal al estilo del panel de Plesk: 
- Frame superior para el usuario,
  - frame lateral derecho para cargar los módulos, con posibilidad de ocultarlo
  - frame principal para mostrar el contenido.
  
Foto: 
http://www.netlynx.asia/images/plesk.gif 
Acepto sugerencias. De momento el sistema MVC lo veo algo incompatible con el sistema de los módulos y convivir el panel con una Web en el mismo servidor.