el problema es que al redireccionar la pagina hacia la url mailto:email con el header estyas saliendo de la pagina! ya no se va a cerrar nunca porque estas fuera de script...
 
primero tendrias que cerrar la ventana y luego hacer que se ejecute el email 
podrias usar una funcion Javascript como esta, que se me ocurrio recien y me funciono en internet explorer perfectamente  
 Código PHP:
    <script>
function cerrar()
{
    window.close();
    window.location.href = 'mailto:[email protected]';
}
window.onload = function()
{
    cerrar();
}
</script> 
      ponela en el head y fijate que pasa 
Lo unico que si, borra la linea que dice en PHP 
 Código PHP:
    else{//link a una web 
    header("Location: mailto:$banner[mail]"); 
}