Hola,
Supongo que preguntas por el comando
mput, pero no te servirá para subir directorios.
Ejemplo de uso aquí:
http://www.ubuntu-es.org/index.php?q=node/38276
Una idea mejor sería que comprimieras todos los archivos en un solo archivo .zip o .tgz, lo subes de una y luego lo descomprimes en el servidor.
Saludos,