creo que estas un poco perdido. El NetBeans es un IDE. No se que tendras que usar para las redes neuronales en JAVA, pero puedes usar el IDE que quieras.
En esta página, tienes informacion sobre redes neuronales pero en forma teorica (algoritmos, etc)
http://www.cs.us.es/cursos/ia2-2007/temas/tema-05.pdf
Un saludo!