No se puede colocar código PHP dentro de una función Javascript y esperar a que se ejecute. PHP se ejecuta del lado del servidor (al procesar este la petición) y envía una salida HTML. El código Javascript se ejecuta del lado del cliente, así que no se puede mezclar ambas cosas.
El hecho de que estés tratando de hacer una consulta en el onkeyup me hace pensar que lo que quieres hacer es un "autocompletar" o algo así, puedes hacerlo con AJAX. Pasa por las FAQ's de ese foro y encontrarás ejemplos.
Saludos
.