es la ruta a tu JS!! debes tener claro que el codigo fuente que esta en tu workspace del eclipse, se
deploya a donde esta tu webserver, llamese tomcat, jboss, weblogic, etc...
la línea que de ti anteriormente espero no la hallas copiado y pegado tal cual te la di!! por que yo me inventé la ruta de tus JS, pues no soy mago o adivino para saber donde has colocado tus JS, te la pongo de nuevo un poco mas explicada.
Código:
<script type="text/javascript" src="<%= request.getContextPath() %>/ruta/atus/archivos/funciones.js"></script>
es MUY importante que le pongas el
request.getContextPath() de esta manera al deployar en cualquier otro ambiente no tendrás los problemas que tienes ahorita.
saludos.
PD: si quieres que te diga la ruta exacta, pon la estructura de tu arbol de archivos (la de eclipse) y yo escribo por ti para que copies y pegues sin hacer mas esfuerzo que Ctrl+C y Ctrl+V.