Hola edgin
Si estas trabajando con tablas
MyIsam vas a tenerlo que hacer mediante programación.
Pero si estas trabajando con Tablas
InnoDb es muchísimo mas fácil ya que puedes trabajar con transacciones
Aquí tienes en el manual como funciona
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/commit.html
Que tipo de tablas usas?
Saludos!