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  |      Respuesta: jquery y prototype no funciona en la misma pagina        En este orden:   
- Primero incluye Prototype y sus plugins 
- Luego incluye JQuery y sus plugins 
- Luego ejecuta noConflict.   
A pesar de eso, es posible/probable que algunos plugins te sigan dando conflictos porque no están debidamente preparados. La sugerencia de killerangel es buena, quizá deberías pensarlo.     
Ah, y es buena idea que actualices JQuery a la versión 1.2.6.           |