Las GUI Tools de MySQL son tres aplicaciones de administración e interpretes de SQL para MySQL. Sirven para operar y administrar las bases de datos en forma directa, pero no para utilización de usuarios. Son para desarrollo y administración.
En esencia, el MySQL Query Browser (que es una de ellas), es la herramienta de desarrollo y pruebas usada por quienes nos dedicamos a programar BBDD de MySQL en forma nativa. Pero no lo recomendaría para otros usos.
MySQL Administrator, es lo que su nombre indica: Un administrador de entorno MySQL. No tiene otros destinos. Es una herramienta para DBA.
Ninguna de estas opera desde otra aplicación (son clientes, no servidores).
En términos generales, las aplicaciones que encontrarás entran en el mismo espectro de estas dos (Caso MySQL Studio ,o cualquiera similar), por lo que ninguna está diseñada para ser usada como interfase de trabajo para una base de datos. Eso lo tienes que programar.
El lenguaje no es determinante. En realidad puedes hacerlo de la forma que se te ocurra. Algunos tienen más portabilidad, otros no. La elección tiene más que ver con el tipo de aplicación a desarrollar que con otra cosa.
Por ejemplo: El que uses web o no, solamente te determina si vas a usar ASP, PHP, VB.Net, C#.Net, JavaScript, o bien C++, Java, PHP, VB.Net, C#.Net, JavaScript. En definitiva, si lo piensas, en este momento no existe demasiada separación entre los lenguajes de aplicaciones de escritorio o las de Web.
De hecho, actualmente estoy en un desarrollo que permite trabajar indistintamente de las dos formas, lo que entre otras cosas facilita la portabilidad.
Respecto del uso del ODBC, yo te recomiendo obviarlo y usar en .Net el conector nativo para .NET y en java el conector nativo /J o JMX, que están
en la página oficial. Son mucho mejores.
No te estoy recomendando uno u otro lenguaje porque en definitiva el uso de uno u otro no debe ser planteado sobre la base de que motor de BB.DD. usas, sino sobre qué aplicación vas a desarrollar. Es allí donde veras los problemas de uno u otro lenguaje. La BB.DD. responde siempre al ANSI SQL (además del SQL propietario del DBMS).