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Iniciado por turuturu 
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Para empezar necesito saber si soporta dicha comunicación vía puerto USB o Paralelo, que es la que manejan dichas lectoras.
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Me quede pensando un poco con eso, si el lector no tiene puerto paralelo y tiene puerto USB, entonces el soporte sería en USB, y viceversa, el soporte lo realizas tu dependiendo de la conexión que traiga el equipo.
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Iniciado por turuturu ...
Como sabrán los kits de seguridad de estas lectoras ya traen el software que trabaja con ellos, pero yo quiero hacer ese software por que lo adapatare al acceso de autos de un fraccionamiento.
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En efecto, pero también esos lectores también contiene SDK's y manuales en los cuales te indica en que lenguajes puedes desarrollar tus propias aplicaciones, así que en el software te debe de venir un PDF el cual contiene información de desarrollo, y si no lo tiene, el fabricante debe de tener pagina web donde podrás buscar esa información.
Ahora bien, si tu equipo (el lector) tiene puerto paralelo podrías desarrollar tu aplicación con la clase SerialPort de .NET y realizar el envío y recepción de APDU's identificables por tu lector.
También si tu lector tiene conexión por USB lo más fácil de utilizar es la API de windows Winscard y/o programarlo directamente en visual C++ pero no en .net, podrías construir una DLL que contenga las instrucciones y después ser utilizada con dllimport en c#
Dependiendo de la marca de tu lector y de los modelos de tarjetas y de las disposiciones y protocolos que soporte dicho aparato es la información que encontraras en internet, las empresas más comunes como HID, Philips, Omnikey, Transcore, Gemalto, Gemplus, etc. contiene mucha información en internet, pero toda en ingles y muy técnica.
Yo te pregunto que tipo de tecnología vas a utilizar, por que dependiendo de eso es lo que vas a encontrar y cosas muy fáciles como tecnología MIFARE y Prox, tecnología de propietario como iCLASS de HID que también son de proximidad y cosas extremadamente complejas como MPCOS-EMV que ya es más de contacto.
Espero eso te ayude por el momento.
¿QUE TECNOLOGÍA VAS A UTILIZAR?