ramon92:
Segun parece lo que tienes que hacer es crear Virtual Hosts de apache y modificar el hosts file para incluir el nuevo dominio y direccionarlo a la carpeta donde lo tienes alojado.
Saludos
Franco
P.S. Por lo que te entendi ya el dominio tiene sus nuevos DNS y eso lo unico que hace es enviarte todo el movimiento hacia tu root.
La creacion de virtual hosts es necesario para que cuando cualquier conexion llegue solicitando el nuevo dominio, el server puede direccionar hacia la carpeta donde efectivamente se encuentra.