Para trabjar con MySQL te aconsejo que instales phpMyAdmin (
http://www.phpmyadmin.net/), ya que facilita muchísimo su administración.
Con phpMyAdmin puedes crear indices con gran facilidad.
En el capitulo "Optimizing Database Structure" del manual de MySQL tienes todo lo que necesitas saber:
http://www.mysql.com/doc/en/Optimisi...Structure.html
No se si existe documentación en español.
Un saludo