Creo que en la documentación de MySQl dice algo sobre el tema.... Si, algo dice:
http://www.mysql.com/doc/en/Name_case_sensitivity.html
Al parecer si inicias mysql con la opción -O lower_case_table_names=1 te convierte todas las mayusculas a minusculas. Es decir, si añades lo siguiente en tu my.cnf deberia funcionar:
[mysqld]
set-variable = lower_case_table_names=1
Aunque al parecer esto es solo para Linux y similares, en Windows y según la documentación esto es así por defecto. Aunque por probarlo no pasa nada...
Un saludo