El problema está en que los buscadores tratan cada página de forma individual, cada página necesita tener un título, una descripción etc. Cuando diseñas con marcos, no puedes individualizar cada página, de forma que el buscador encuentra varias páginas sin encabezados y aparte el encabezado o el menú sin contenido.
El resultado son dos grandes desventajas:
1º no puedes optimizar
2º cuando lleguen desde un buscador entraran uno de los frames.
Creo que es más fácil de entender comprobándolo con un ejemplo.
http://www.colegialsalvador.org/index1.htm Esta web está hecha con marcos, mira el código fuente, como verás no hay información útil excepto el título. Eso es lo que encuentra el buscador.
Luego la indexará por partes, cada marco. El usuario que entre desde google verá,
esto o
esto... sólo partes.
Te paso un enlace con una explicación (mejor) y más extensa.
Los problemas de los marcos.
Si quedan dudas, sigue preguntando.