Pues en el Pop Up pon ésta sencilla función que te pongo:
<script>
function Refrescar(){
opener.parent.location.href = "otra página.htm";
close();}
</script>
Y el enlace que llamará a la función, por ejemplo sería:
<a href="#" onclick="Refrescar()">Cerrar y Refrescar Padre</a>
PD: Se supone que el Pop-Up es abierto por alguna de las páginas contenidas en tus marcos, por lo que, no debería darte ningún problema.
Saludos!