Con mínimas modificaciones, en tu ejemplo sería así:
Código PHP:
var quotes=new Array()
quotes[0] = "Cita UNO<br><p align=\"right\"><b>-Autor 1</b><br>" +
"<b>Imagen Autor 1</b><br><img src=\"autor1.jpg\"></p>";
quotes[1] = "Cita DOS<br><p align=\"right\"><b>-Autor 2</b><br>" +
"<b>Imagen Autor 2</b><br><img src=\"autor2.jpg\">";
quotes[2] = "Cita TRES<br><p align=\"right\"><b>-Autor 3</b><br>" +
"<b>Imagen Autor 3</b><br><img src=\"autor3.jpg\">";
var whichquote=Math.floor(Math.random()*(quotes.length))
document.write(quotes[whichquote])
PD: Has observado que he añadido un nuevo array -> quotes[0], ¿por qué? pues porque la variable "random()" por defecto comienza por 0, lo que quiere decirse, que si en el refresco sale dicho valor, saldría indefinida tu cita, ya que "quotes[0]" no la tienes definida, por ese hecho te la agregué
Saludos!