Hola:
En principio el filedialog NO hace nada con el fichero, sólo te permite seleccionarlo, para salvar o cargar, según lo pongas. Eres tú el que tiene que esperar la respuesta y hacer lo que tengas que hacer (sobreescribir el fichero). En el enlace tienes un ejemplo similar con
JFileChooser. FileDialog es de awt y supongo que es una versión más simple del JFileChooser, aunque con el mismo propósito.
Se bueno.