Hola irilien,
Creo te estas liando un poco, la ventaja de Zend Framewor es esa misma, que no tienes porque ponerlos en X carpeta, tu puedes ponerlos en la carpeta que gustes y de ahí instanciarlos, por lo que no estas limitado a que esten dentro de cierto lugar.
La cosa en que no sean "autodetectables" tiene que ver con eso que son modelos, y si tu los quieres poner dentro de tu modulo solamente configuras el include path correctamente y debe de funcionar sin problemas.
La parte "autodetectable" es para poder autocargar los controladores y las vistas desde el Dispatch, los modelos se deben de instanciar y crear dentro del controlador.
Saludos
