De hecho cuidando la logica si es posible que mescles php con javascript (mas de una vez lo he hecho) pero como dice pateketrueke, lo que haces no tiene sentido
Seguro que no te has fijado puebalo con el IE y en la esquina inferior izquierda se ha de poner una leyenda de error (cuando pones el php) y desaparece si le quitas es codigo php
el error surge seguramente pq pones codigo html dentro de una funcion javascript y ya que hay error en codigo no te funciona el alert
una funcion nunca puede quedarse a medias en javascript (en este caso el if)
Ahora explica que querias conseguir con lo que pusiste de codigo y tal vez te podamos dar una sugerencia para la logica...
creo que es validacion la puedes haces con javascript
Código:
if(document.forma.campo.value!="")
y mostrar una capa oculta con
Código:
document.getElementById(nombreCapa).style.visibility="visible";
o agregar una linea a un div con algo asi
Código:
document.getElementById(nombrecCapa).innerHTML = document.getElementById(nombrecCapa).innerHTML + "<div> ... </div>";
Y este tema creo deberia ser transferido a JavaScript