Cita: creo que eso influiría si en esa segunda instalación tuvieras instalado el windows, pero como dices que està en el disco uno entonces yo descarto eso, yo creo mas bien, que lo lento se puede deber a algunos otros factores, como por ejemplo el nùmero y peso de los programas que arrancan al iniciar windows y que si no son cerrados durante su uso, seguramente estàn corriendo mientras la pc estè encendida.
otra opciòn pudiera ser, que tu pc tuviera mucho tiempo sin haberle dado cuando menos un mantenimiento lògico (antivirus, temporales, archivos basura, desfragmentaciòn, antibichos en general, chequeo del registro, de los dll, etc.)
A esto que te comenta "Ratones Pelones" sumale la destreza de tu HARDWARE, puede depender del tipo de Disco que tengas, La cantidad de memoria, la velocidad de tu procesador, etc. Te recomiendo que si no tenes una PC muy potente, no la cargues con demasiados programas al inicio, Si quieres liberar un poco de espacio en memoria al cargar el S.O. te recomiendo que uses el "CCLEANER" software con licencia GPL (gratuito) que te puede ser muy útil y es muy intuitivo para usar. ;) Suerte!