No entiendo mucho tu pregunta.... si pudisen ser mas especificos seria mejor...
Pero si puedo ver que si quieres trabajar con los checkbox como array en el nombre ponle el $i.
de esta manera.
Código:
<input name="capacidad[<?php echo $i ?>]" type="checkbox" id="capacidad" value="<?php echo $capacidad[$i]; ?>"
te ayudara a identificar los datos que estas mostrando.