Hola Luis,
Estuve revisando lo que dices, y creo que podemos llegar a una conclusión al fin.
Todas esas páginas que te están borrando tienen contenidos escasos y muy parecidos entre sí, y no poseen siquiera un link interno: el botón de "detalles" del buscador no es un link, es solo un botón que encima se activa por javascript.
Por lo tanto, es lógico que google considere a esas páginas como contenido duplicado y/o poco relevante.
Para revertir la situación, podrías optimiza bastante las páginas cambiando el botón de detalles por un link con CSS, hacer a los titles más dependientes del contenido (por ejemplo, en lugar de "
Detalle de transporte 623" escirbir "Unidad #623 - Camión Cava 4500kg"), agregar link a las páginas desde las descripciones de la lista del buscador, y utilizar el rel canonical para que Google entienda que cada página es distinta a las demás y no versiones de una misma.
El uso de ISAPI puede ser una buena idea para disimular las variables y ayudar a darle a cada página peso propio. Pero no es un reemplazo para el rel canonical. Justamente, si utilizaras el ISAPI Rewrite, estarías generando dos urls con el mismo contenido (la original con los parámetros y la reescrita con isapi), por lo que deberías utilizar un canonical que le diga a los motores de busqueda cuál de las dos es la versión "principal" de la página.
saludos!